During the course of evolution, variations of a protein sequence is an ongoing phenomenon however limited by the need to maintain its structural and functional integrity. Deciphering the evolutionary path of a protein is thus of fundamental interest. With the development of new methods to visualize high dimension spaces and the improvement of phylogenetic analysis tools, it is possible to study the evolutionary trajectories of proteins in the sequence space. Using the data-driven high-dimensional scaling method, we show that it is (...) possible to predict and represent potential evolutionary trajectories by representing phylogenetic trees into a 3D projection of the sequence space. With the case of the aminodeoxychorismate synthase, an enzyme involved in folate synthesis, we show that this representation raises interesting questions about the complexity of the evolution of a given biological function, in particular concerning its capacity to explore the sequence space. (shrink)

In psychotherapy research, treatment efficacy is commonly studied by means of self-report questionnaires to gain quantitative data on symptom development. The data serve as input for statistical analyses up to the level of evidence-based treatment. We analyzed how a patient in a psychotherapy study experienced the translation of her story into quantitative data by combining a phenomenological qualitative analysis of her therapeutic narrative and a visual analysis of her extensively annotated paper-andpencil questionnaires. Our findings provide a practical empirical illustration of (...) the nature and impact of known validity issues. Beyond, we found the act of questionnaire administration affected the primary complaint such that it became performative toward the symptoms under study. We discuss the epistemic consequences for the validity of data, and we argue that valid data collection requires qualitative scrutiny of meaning within data and a concept of validity that allows for consideration of performativity of data collection. (shrink)

Vier opstellen over thema's uit het werk van de Duitse filosoof (1844-1900).

We show how to encode context-free string grammars, linear context-free tree grammars, and linear context-free rewriting systems as Abstract Categorial Grammars. These three encodings share the same constructs, the only difference being the interpretation of the composition of the production rules. It is interpreted as a first-order operation in the case of context-free string grammars, as a second-order operation in the case of linear context-free tree grammars, and as a third-order operation in the case of linear context-free rewriting systems. This (...) suggest the possibility of defining an Abstract Categorial Hierarchy. (shrink)

This book provides a comprehensive commentary of the Philebus designed to shed light on the nature and function of the good in Plato’s philosophy as a whole. Topics discussed include dialectic, pleasure, epistemology, and the relations between metaphysics and ethics.

In this collection of essays, Bromberger explores the centrality of questions and predicaments they create in scientific research. He discusses the nature of explanation, theory, and the foundations of linguistics.

J’examine dans cet article le double aspect sous lequel la loi se trouve discutée par l’Étranger dans le Politique : si elle fait tout d’abord l’objet d’une critique sévère au nom d’une science idéale, elle est ensuite réhabilitée à titre de substitut à l’idéal défaillant. Cette réhabilitation est complexe : elle passe par un étrange récit de politique-fiction qui fait écho sans le dire à Thucydide et qui permet à l’Étranger de lier dans un même procès écriture juridique et écriture (...) spéculative ; elle se développe ensuite moyennant une série d’arguments qui insistent sur le nécessaire respect de la loi indépendamment de son contenu et de sa pertinence, mais qui indiquent aussi implicitement la nécessité de lui attribuer une origine mythique dans une connaissance divine devenue inaccessible. Le Politique signe l’acte de naissance de la fiction théologico-politique.I explore in this paper the dual aspect of the Eleatic Visitor’s discussion of law in the Statesman. Although it is at first severely criticized on behalf of an ideal science, it is then rehabilitated as a substitute for the failing ideal. But this rehabilitation is a complex one : it is made via a very peculiar account of political fiction echoing implicitly Thucydides and allowing the Eleatic Visitor to put on the same trial legal and speculative writing. Then it develops by using several arguments, insisting on the necessary respect due to the law, whatever content and relevance it may have, but yet implicitly pointing out the need to confer a mythic origin to law within the context of divine knowledge now impervious to men. Thus Plato’s Statesman pioneers theological political fiction. (shrink)

The aim of this book is to analyze the problem of the intensity of forms in the late Middle Ages and to show how this debate eventually gave rise to a new metaphysical project in the 14th century: the project of quantifying the different types of perfections existing in the universe – that is the project of “measuring being”. Cet ouvrage se propose d’analyser l’histoire du débat relatif à l’intensité des formes au Moyen Âge, et de retracer la manière dont (...) il conduisit au XIVe siècle à l’émergence d’un projet métaphysique nouveau : celui de quantifier les perfections contenues dans l’univers et, ainsi, de “mesurer l’être”. (shrink)

CorpusReader est un dispositif expérimental permettant d'articuler plusieurs instruments pour construire des corpus multi-annotés. L'objectif de ce dispositif est la description de corrélations entre niveaux de description pour caractériser des normes, comme par exemple des discours ou des genres. Dans ce cadre, toute annotation est une interprétation et le contexte est défini comme une pluralité d'interprétations réifiées dans un codage commun. CorpusReader permet à la fois de construire cette annotation contextualisante puis d'en extraire des sous-ensembles et des quantifications pour des (...) analyses quantitatives. (shrink)

CorpusReader est un dispositif expérimental permettant d'articuler plusieurs instruments pour construire des corpus multi-annotés. L'objectif de ce dispositif est la description de corrélations entre niveaux de description pour caractériser des normes, comme par exemple des discours ou des genres. Dans ce cadre, toute annotation est une interprétation et le contexte est défini comme une pluralité d'interprétations réifiées dans un codage commun. CorpusReader permet à la fois de construire cette annotation contextualisante puis d'en extraire des sous-ensembles et des quantifications pour des (...) analyses quantitatives. (shrink)

"La grande question métaphysique aujourd'hui, en matière de langage, est de savoir si un modèle computationnel suffit à expliquer le comportement linguistique humain. Est-ce que la faculté de langage de chacun d'entre nous et plus spécialement sa compétence linguistique, s'explique parce que nous avons des algorythmes implémentés dans notre tête? Cette question appartient de plein droit à la philosophie de la linguistique. Elle a une vaste portée. En aval, elle concerne la représentation d'une bonne partie du comportement humain, selon le (...) modèle qu'en donnent les cognitivistes de stricte obédience. En amont, elle concerne tout simplement le vieux débat de théorie de la connaissance entre le rationalisme et l'empirisme. L'objet de ce livre est une critique fouillée du rationalisme dans ses fondements linguistiques. Il prend donc la forme d'une analyse de la nature du savoir linguistique et de celle du langage.... Il s'agit de constituer les bases d'une nouvelle version de l'empirisme que nous pouvons baptiser externalisme. Les résultats développés dans ce livre concernent principalement la théorie de la science et celle du langage. La thèse ultime de l'externalisme c'est que l'esprit lui-même est d'essence historique et empirique." Extrait de l'introduction. (shrink)

Cet article analyse les emplois schelérien et heideggérien de l’expression « logique du coeur ». Il revient sur l’origine de cette expression – forgée par Scheler, qui l’attribue à tort à Pascal en soulignant son opposition à la raison cartésienne – avant de reconstruire l’usage qu’en fait Heidegger. Trois phases sont mises au jour : Heidegger fait l’économie de cette expression dans ses jeunes années afin de prendre ses distances avec la doctrine schelérienne et pascalienne des sentiments ; il y (...) recourt dans les années trente et quarante pour signaler que cette doctrine est déterminée par la « logique » métaphysique cartésienne, qu’il oppose à deux logiques du coeur non métaphysiques (celles du λόγος grec héraclitéen et parménidien et du Λόγος johannique) ; dans les années cinquante, Heidegger abandonne pourtant cette expression au motif que toute logique – moderne (cartésienne) comme grecque et biblique – demeure métaphysique. (shrink)

Ce livre répond aux questions : Qu'est-ce que la gauche et la droite? Quelles sont leurs origines historique, philosophique et psychologique? Quelles sont leurs valeurs profondes, qui perdurent à travers les siècles? Quelles conceptions de la nature humaine défendent-elles? Et surtout : qui a raison?

La philosophie française actuelle se réduit souvent à de l’historiographie ou à de l’exégèse de textes, s’exposant ainsi au reproche de stérilité. Certes, la philosophie ne doit pas céder à une telle tendance sous peine de se discréditer ou de disparaître. Cependant, à l’inverse, l’histoire de la théorie et l’exégèse sont nécessaires à la théorie non seulement pour produire de nouvelles hypothèses mais aussi pour les justifier, ceci étant vrai pour toutes les disciplines scientifiques.

Sylvain Luquet | : On tente ici de retracer aussi fidèlement que possible les tenants et les aboutissants du célèbre débat autour du bien commun et de la personne suscité par l’attaque du Père Eschmann contre le livre de Charles De Koninck, De la primauté du bien commun contre les personnalistes . On y verra vite à quel point il s’agissait d’un débat d’idées et nullement de conflits personnels. | : We attempt here to retrace as faithfully as possible (...) the whys and wherefores of the famous debate about the common good and the person that resulted from the attack by Father Eschmann against Charles De Koninck’s book, On the Primacy of the Common Good against the Personalists . It will soon be obvious how much the core of this debate were ideas, and not at all personal conflicts. (shrink)

Freud accuse les philosophes d'agir comme des paranoïaques qui produiraient des projections mythiques. Cette violente attaque porte sur la valeur de vérité des productions philosophiques. Mais quel est le rapport entre philosophie et mythe? Quelle est la relation entre les contenus métaphysiques et l'individu qui les produit? L'ouvrage examine l'hypothèse freudienne en trois temps. D'abord, il la reconstitue à partir des textes de Freud. Ensuite, il étudie sa cohérence logique, ses sources extérieures, ses présupposés philosophiques et épistémologiques. Enfin il applique (...) cette grille de lecture révisée aux philosophes et à Freud lui-même. Le lien métapsychologique entre la vérité métaphysique et l'individu qui la produit apparaît alors sous un jour nouveau. (shrink)

According to Scheler, since the 12th century, Europe and the West have gradually lost their way. They abandoned the Pascalian “logic of the heart”, that is, the knowledge of holy values, spiritual values and vital values through intentional feeling (Fühlen) of the heart, in favour of the logic of reason or understanding, that is, the knowledge of domination of the external world by reason. Nevertheless, Scheler notes that since that time, European thinkers have occasionally succeeded in rediscovering this knowledge of (...) the heart, and that there is even a powerful contemporary movement in this direction in Europe. The challenge for Europe, then, is to build on this momentum and rediscover the “logic of the heart” in order to achieve a harmony of knowledge forms, and then a harmony of world civilization. (shrink)

Although Pascal is a thinker of the figure of Christ, he seems to neglect the other Persons of the Trinity, in particular the Holy Spirit. This article examines the place Pascal gives to the third Person of the Trinity. It shows that, for Pascal, the Holy Spirit plays an important role in the conversion of man, insofar as he spreads in his heart the grace of Christ sent by the Father. Finally, this study comes to a difficult fragment of Pascal’s (...) in which he asks whether all Holy Scripture is dictated by the Holy Spirit, in order to propose a new reading. (shrink)

Que dire des épreuves de la vie? Nous ne savons quelles elles sont qu'à les traverser et ignorons ce qu'elles sont en les endurant. Quand surviennent-elles? Comment? Et pourquoi? Aveugles lorsqu'elles frappent, hagards lorsqu'elles cessent, comment pourrions-nous porter sur elles nos regards? Dans l'obscure nuit qu'elles répandent sur nos vies, tout n'est cependant pas que ténèbres. Car les épreuves révèlent, elles phénoménalisent. Sous leur sombre lumière, tout se montre sous son vrai jour. Condamnés par le pire à donner le meilleur, (...) nous qui les essuyons faisons alors nos preuves. Dans l'épreuve, l'ego apparaît donc comme jamais il ne le fait, non pas comme il le doit, mais toujours comme il est. Faudrait-il ajouter que d'épreuves comme de phénoménologie, il n'en est que de la vie pour que l'idée d'une phénoménologie des épreuves de la vie s'impose en philosophie? Inutile : l'irrésistible réalité de ces épreuves impose à qui les subit un inextinguible besoin de philosophie. Or qui mieux que la phénoménologie peut, en philosophie, mettre à l'épreuve les épreuves de la vie. (shrink)