Yakın zamana kadar dominant olan Newtoncu doğa anlayışı doğa bilimlerindeki gelişmelerle ciddi olarak eleştirilmeye başlanmıştır. Hiç kuşku yok ki bu eleştirel dönüşüm sürecinin başlangıcında Einstein ve Schrödinger fiziği vardır. Buna bağlı olarak biyolojide geçtiğimiz yüzyılın başından günümüze kadar gerçekleşen gelişmeler (evrimsel biyoloji, genetik, epigenetik, moleküler biyoloji, gelişim biyolojisi, ekoloji, fizyoloji konularıyla ilgili değişim ve gelişimler) biyolojinin temel kavramları olan fenom, genom ve çevre’deki değişimleri de içermektedir. Yeni bir doğa kavrayışını da beraberinde getiren bu süreçte biyoloji, bize canlıların çevreleriyle sınırları net (...) olmayan ve kompleks etkileşimleri üzerinden kendilerini dinamik bir halde sürekli olarak organize eden sistemler olduğunu söylemektedir. Canlıların, değişimini gözlemleyebileceğimiz kadar hızlı olan özellikleri de uzun süreler boyunca stabil halde gözlemlediğimiz özellikleri de süreçlerden oluşmaktadır. Canlılara ait tüm özellikler (fenomlar ve genomlar) kompleks bir ağ oluşturan diğer akışlarla etkileşimleri içinde akmaktadır. Bu yüzden, bir fenotipik özelliği etraflıca açıklama iddiasıyla yola çıkılıp, buna rağmen araştırmanın ve sonucundaki açıklamanın tek yönlü (sadece tek bir tür parametreyi dikkate alarak ve bir parametreye özellikle yoğun vurgu yaparak) yapılması sorunludur. Çünkü fenom, ancak bütüncül bir yaklaşımla ve fenom oluşumunun kompleksite ve dinamizm özelliklerinin farkında olarak etraflıca açıklanabilir. Bir fenotipik özelliğin etraflıca açıklanması iddiasının olmadığı durumlarda (ki standart bir biyoloji araştırması çoğunlukla bu iddiada değildir), sadece bir parametre dikkate alınabilir ve bu durum son derece anlaşılırdır. Bilim insanları her durumda (fenotipik özelliği hem etraflıca inceleme hem de tek bir parametreyle etkileşimini inceleme durumlarında) fenom oluşumunun kompleksite ve dinamizm özelliklerinin farkında olmalıdırlar ve açıklamaları da araştırma süreçleri de bu farkındalığı içermelidir. Burada araştırmacının zihnini belirleyen soru şudur: doğa bütünsel, stabil ve mekanik nedenselliğin egemen olduğu bir varlıklar alanı mıdır yoksa parçaların birbirleriyle sürekli etkileşerek yeni uyumlar ve ilişkiler geliştirdiği karmaşık ve akışkan varlıklar topluluğu mudur? Bu soruya karmaşıklık, akışkanlık, karşılıklı etkileşim ve uyum üzerinden cevap verilirse üzerine odaklanılacak olan kavram ne varlık ne fenomen, fakat süreçtir. Nitekim süreç felsefesi, biyolojideki felsefi problemler ve kavramsal incelemeler için çok kullanışlıdır. Bu durumun iki temel nedeni: 1) biyolojinin konusu olan şeylerin temel olarak süreçler olması ve 2) bilim insanlarının araştırmaları sırasında süreçler üzerinden akıl yürütmeleri ve bu yolla kavramları kullanmaları, açıklamalara, bilgiye ulaşmalarıdır. Bu çalışma, bu iki temel unsuru göz önünde bulundurarak ortaya çıkan yeni biyolojinin beraberinde getirdiği ve yeni imkanlar sunan yeni bir doğa anlayışına odaklanmıştır. Bu yeni doğa anlayışı, mekanik ve statik olmaktan ziyade kendi içinde stabil ama bütünüyle dinamik doğa anlayışıdır. (shrink)

Felsefe tarihinin hiç şüphesiz en önemli filozoflarından biri olan Aristoteles (M.Ö. 384-322), aynı zamanda bilim tarihinin de en önemli kişilerindendir. Yaşadığı dönemde henüz bilim ve felsefe ayrılmamıştır; bununla birlikte Aristoteles, bilimsel ve sistemli düşünmenin, örnekleme yapmanın, bilim insanının doğaya öğrenmek için yaklaşmasının ilkelerini, ilk kez bu derece düzenli şekilde ortaya koyan kişi olmuştur. Dört neden kuramı söz konusu ilkelerin temelini oluşturmaktadır. Bu çalışmada günümüz biyolojisinin en kapsamlı tartışmalarından biri olan ‘fenotipin ne olduğu ve nasıl oluştuğu’ konusunun, Aristoteles’in dört neden kuramı (...) ile ilişkisi incelenmiştir. Genotip, fenotip ve çevrenin son derece karmaşık yolları içeren etkileşim ağı, araştırılması için birden fazla nedensel sorgulamayı gerektirir ki bu sorgulama bir anlamda Aristoteles’in dört neden kuramının, maddi, formel ve fail nedenlerinin bir arada sorgulanmasına benzerdir. (shrink)

Çevre sorunlarının katlanarak arttığı ve biyoloji biliminin büyük sıçramalarla geliştiği günümüzde organizma kavramının incelenmesi, hem kendi doğamızı (dolayısıyla da diğer canlılarla etkileşimlerimizi) hem de günümüz biyolojisindeki değişimleri daha iyi anlayabilmemiz için faydalı olacaktır. Bu çalışma, organizma kavramını özellikle organizma-çevre etkileşimi üzerinden inceleyerek günümüz biyolojisindeki önemini vurgulayacaktır. Organizma kavramı özellikle Modern Sentezden, Genişletilmiş Evrimsel Senteze geçişle birlikte ayrı bir önem kazanmıştır. Köklerini yirminci yüzyılın başlarındaki organizma-merkezci biyolojiden alan bu kavramın gelişimi, son birkaç on yıldır biyoloji biliminde gerçekleşmiş olan gelişmelerle (özellikle gelişim (...) biyolojisi, sistem biyolojisi ve ekoloji dallarında) iyice dinamikleşmiştir. Organizma kavramının gelişimini incelemek sadece biyoloji biliminin felsefesi açısından değil, bunun yanında, insan olarak kendi biyolojik varlığımızı -organizma- ve çevremizle (hem abiyotik hem de biyotik) olan etkileşimlerimizi, tekrar düşünmek açısından değerlidir. (shrink)

A phenome occurs through the many pathways of the complex net of interaction between the phenome and its environment; therefore researching and understanding how it arises requires investigation into many possible causes that are in constant interaction with each other. The most comprehensive investigations in biology are the ones in which many biologists from different sub-areas—evolutionary biology, developmental biology, molecular biology, physiology, genetics, epigenetics, ecology—have collaborated. Still, biologists do not always need to collaborate or look for the most comprehensive explanations. (...) A more standard investigation in biology occurs within a single subarea, and uses well-defined experiments with very specific conditions. This paper is about causation and related explanation in plant phenome research and its relevance to Aristotle’s Theory of Four Causes. I argue that there are causes which resemble Aristotle’s formal, material, and efficient causes in phenotype explanation and occurrence; but causes which resemble Aristotle’s final causes occur in phenotype explanation only, not in the occurrence. (shrink)

This is an article in Thomas J.J. McCloughlin (Ed.) The Nature of Science in Biology: A Resource for Educators. Graphikon Teo, Dublin. -/- Abstract: Philosophers usually tend to think of animals when they think about life, plants often only appear in their works as on the margins, in the background; they are rarely in the centre. However, plant life involves unique processes, including remarkable modes of interaction between plants and their environments. Needless to say, plants are vital parts of ecosystems. (...) Serious attention to plants provides novel and interesting perspectives on many topics in philosophy of biology, including individuality, organisation and disease. Plant biology should have a substantial part in philosophy education. To support this assertion, this paper briefly describes three topics related to plant-environment interaction and explains some of their philosophical implications. These topics are growth, plant hormones and plant-plant microbiota interactions, all of which present crucial aspects related to some prevalent topics in philosophy of biology such as individuality, systems thinking, and holobiont. (shrink)

A correction to this paper has been published: https://doi.org/10.1007/s40656-021-00404-8.