What role does non-genetic inheritance play in evolution? In recent work we have independently and collectively argued that the existence and scope of non-genetic inheritance systems, including epigenetic inheritance, niche construction/ecological inheritance, and cultural inheritance—alongside certain other theory revisions—necessitates an extension to the neo-Darwinian Modern Synthesis (MS) in the form of an Extended Evolutionary Synthesis (EES). However, this argument has been challenged on the grounds that non-genetic inheritance systems are exclusively proximate mechanisms that serve the ultimate function of calibrating organisms (...) to stochastic environments. In this paper we defend our claims, pointing out that critics of the EES (1) conflate non-genetic inheritance with early 20th-century notions of soft inheritance; (2) misunderstand the nature of the EES in relation to the MS; (3) confuse individual phenotypic plasticity with trans-generational non-genetic inheritance; (4) fail to address the extensive theoretical and empirical literature which shows that non-genetic inheritance can generate novel targets for selection, create new genetic equilibria that would not exist in the absence of non-genetic inheritance, and generate phenotypic variation that is independent of genetic variation; (5) artificially limit ultimate explanations for traits to gene-based selection, which is unsatisfactory for phenotypic traits that originate and spread via non-genetic inheritance systems; and (6) fail to provide an explanation for biological organization. We conclude by noting ways in which we feel that an overly gene-centric theory of evolution is hindering progress in biology and other sciences. (shrink)

Many of the earliest books, particularly those dating back to the 1900s and before, are now extremely scarce and increasingly expensive. We are republishing these classic works in affordable, high quality, modern editions, using the original text and artwork.

The three processes needed to create life, compartmentalization, metabolism, and information transfer (memory stored in nucleic acids and manipulation operated by proteins) are embedded in organized genome features. The core of life puts together growth and maintenance (which drives survival), while life in context explores and exploits specific niches. Analysis of gene persistence in a large number of genomes shows that the former constitutes the paleome, which recapitulates the three phases of the origin of life: metabolism of small molecules on (...) surfaces, substitution of surfaces by an RNA-world where transfer RNA played a central role, and invention of template mediated information transfer. Colonization of each niche is performed using an almost unlimited set of genes, forming the cenome. The agreement of the paleome structure with a consistent scenario for the origin of life is such that we may consider extant genomes as providing us with an archive of the origin rather than as a palimpsest where most of our past would be irremediably hidden. (shrink)

What is the relationship between cosmopolitanism and secularism—the worldwide and the worldly? While cosmopolitan politics may seem inherently secular, existing forms of secularism risk undermining the universality of cosmopolitanism because they privilege the European tradition over all others and transform particular historical norms into enunciations of truth, valid for all cultures and all epochs. In this book, the noted philosopher Étienne Balibar explores the tensions lurking at this troubled nexus in order to advance a truly democratic and emancipatory cosmopolitanism, (...) which requires a secularization of secularism itself. Balibar argues for the idea of the universal against its particular dominant institutions. He questions the assumptions that underlie popular ideas of secularism and religion and outlines the importance of a new critique for the contemporary world. Balibar holds that conflicts between religious and secular discourses need to be reframed from a point of view that takes into account the cultural hybridization, migration and mobility, and transformation of borders that have reshaped the postcolonial age. Among the topics discussed are the uses and misuses of the category of religion and the religious, the paradoxical genealogy of monotheism, French laïcité’s identitarian turn, and the implications of the responses to the Charlie Hebdo attacks for an extended definition of free speech. Going beyond circumscribed notions of religion and the public sphere, Secularism and Cosmopolitanism is a profound rethinking of identity and difference that seeks to make room for a renewed political imagination. (shrink)

Dans un monde dominé par les conflits, il arrive qu’il faille se défendre. L’invention des armes a évolué en parallèle avec le savoir technique, puis scientifique, et il est même arrivé que la recherche d’applications militaires ait joué un rôle moteur dans la découverte scientifique. Lorsque les armes ne servent pas à attaquer d’autres nations, leur fabrication et leur commerce se justifient morale- ment. Il faut cependant qu’elles ne puissent échapper à ceux qui les construisent et doivent en contrôler la (...) diffusion. Facilement mise en œuvre, la guerre utilisant des organismes vivants ou ce qu’ils pro- duisent comme armes est très ancienne. Or l’originalité des êtres vivants est qu’ils se multiplient, qu’un seul individu suffit à recouvrir la Terre de ses descendants. La biologie ne se prête jamais à un usage militaire moralement défendable parce que le confinement au champ de bataille est impossible. De ce fait, les applications de la biologie ont été vite écartées du domaine de la Défense permise par les traités internationaux. La Convention de 1972 sur l’Interdiction des Armes Biologiques et à Toxines (CIABT), entrée en vigueur en 1975, est aujourd’hui signée par 183 pays (ratifiée par 175) sur un total de 193, sans compter Taïwan qui l’a ratifiée mais n’est pas reconnu par l’ONU. Elle interdit la mise au point, la fabrication, l’acquisition, le transfert, la conservation, le stockage et l’utilisation des armes bio- logiques et à toxines. Elle constitue un élément essentiel de la lutte contre la prolifération des armes de destruction massive. (shrink)

Two decades ago, Rolf Landauer (1991) argued that “information is physical” and ought to have a role in the scientific analysis of reality comparable to that of matter, energy, space and time. This would also help to bridge the gap between biology and mathematics and physics. Although it can be argued that we are living in the ‘golden age’ of biology, both because of the great challenges posed by medicine and the environment and the significant advances that have been made—especially (...) in genetics and molecular and cell biology—we feel that information as an essential aspect of life has been neglected, or at least misunderstood. We therefore summon Maxwell’s Demon and its distant relative the ratchet, and apply these to biology. (shrink)

The linguistic foundations of science and technology include many terms that have been borrowed from ancient languages. In the case of terms with origins in the Greek language, the modern meaning can often differ significantly from the original one. Here we use the PubMed database to demonstrate the prevalence of words of Greek origin in the language of modern science, and call for scientists to exercise care when coining new terms.

The meaning of Christian rationalism -- The handmaiden of theology -- The doctrine of double truth -- Appendix : Texts of John the Jandun on the relations between reason and faith -- The historical significance of Thomism -- Reasoning by analogy in Campanella -- Theology and Cartesian innatism -- Descartes, Harvey, and scholasticism -- Appendix: William Harvey's critique of the Cartesian theory of the movement of the heart -- Cartesian and scholastic meteors.

De alledaagse leefwereld. Dingen die we zien en horen. De hedendaagse mens wordt opgeslokt door de consumptiecultuur van de markteconomie en verkeert haast permanent in een virtuele werkelijkheid. Individualisme. De liefdesrelatie als meest basale vorm van gemeenschap is hierdoor op de helling gekomen. Welke therapeutische perspectieven kunnen we verbinden aan de gestelde diagnose? We zijn aangewezen op een mentaliteitsverandering, die wordt bepaald door het ‘morele kapitaal’ waarmee een gemeenschap kan voortbestaan. De auteur opereert binnen de traditie die Montaigne en Kierkegaard (...) introduceren en waaiert voortdurend uit door geregeld zijn rol als dienende gastheer voor die van zoekende filosoof te verruilen. Hij laat tijdslijnen door elkaar lopen. Toch is sprake van intrinsieke ordening: ideeënimprovisaties worden weerspiegeld in een afwisseling tussen levende herinneringen en abstracte argumenten. Zo krijgt de alledaagsheid een filosofische lading. Kleine verhalen en anekdotes zijn nodig om grote verhalen een persoonlijk karakter te geven. Aldus ontstaat een collage, waarin niets is gelogen, maar alles is verzonnen. Een waargebeurde, fictieve levensgeschiedenis op grond van herinneringen, een portret waarin verslag wordt gedaan van een gedreven zoektocht naar zinvolheid. De lezer is genoodzaakt zich te laten meevoeren over hoofd- en zijwegen, bemodderde bospaden, drassige velden, gevaarlijke bochten, grillige slingerpaden, solide bruggen en wankele bruggetjes. (shrink)

The emphasis of systems and synthetic biology on quantitative understanding of biological objects and their eventual re-design has raised the question of whether description and construction standards that are commonplace in electric and mechanical engineering are applicable to live systems. The tuning of genetic devices to deliver a given activity is generally context-dependent, thereby undermining the re-usability of parts, and predictability of function, necessary for manufacturing new biological objects. Tolerance and allowance are key aspects of standardization that need to be (...) brought to biological design. These should endow functional building blocks with a pre-specified level of confidence for bespoke biosystems engineering. However, in the absence of more fundamental knowledge, fine-tuning necessarily relies on evolutionary/combinatorial gravitation toward a fixed objective. (shrink)

AU cœur de la vie politique des hommes gît un trésor, aujourd'hui perdu. Les révolutionnaires du XVIIIe siècle pouvaient encore le nommer. En Amérique on l'appelait " bonheur public ", dans la France des Lumières son nom était " liberté publique ". EN certaines circonstances, rares et précaires, ce trésor sans âge ressurgit dans l'action politique conduite à plusieurs, lorsqu'elle se crée un espace public où la liberté peut paraître. Alors un lien se noue, qui déploie entre les hommes un (...) monde commun. Tel est le bien public. En évoquant ce trésor perdu, la philosophie d'Hannah Arendt nous invite à retrouver, à l'écart de tout pragmatisme comme de tout moralisme, le sens instituant de l'action politique qui a le monde comme condition et comme fin. C'est dans la mesure où les actions sont politiques que le monde peut être partagé ; et dans la mesure où elles visent un monde commun que ces actions sont proprement politiques. Toute politique s'apprécie au regard du monde qu'elle est susceptible d'instaurer. N'est-ce pas pourtant à l'aliénation du monde que la politique moderne nous condamne au contraire? Le trésor serait-il pour nous définitivement perdu? Ce livre suggère que, loin de proposer une philosophie politique parmi d'autres, la réflexion arendtienne inaugure une intelligence de l'action politique qui redonne sens au " vivre-ensemble ". En son cœur se tient l'analyse originale et décisive de ce qu'on peut nommer l'acosmisme du monde moderne, cette perte du monde éprouvée aussi bien dans le système totalitaire que dans la prétention technoscientifique de nos sociétés à maîtriser les conditions de l'existence. (shrink)

Synthetic biology (SynBio) covers two main areas: application engineering, exemplified by metabolic engi- neering, and the design of life from artificial building blocks. As the general public is often reluctant to embrace synthetic approaches, preferring nature to artifice, its immediate future will depend very much on the public’s reaction to the unmet needs created by the pervasive demands of sustainability. On the other hand, this reluctance should not have a negative impact on research that will now take into account the (...) existence of the multiple transitions that cells face over time. The ages of life—birth, development, maturation, senescence and death—reflect specific key transitions and have, until now, rarely been taken into account in SynBio designs. This results in a mismatch between novelty and the very long evolutionary time that led to the existing chassis [remember that this is the common term used to describe the cellular framework as seen by synthetic biologists (de Lorenzo & Danchin, 2008)]. It also implies that, in general, transitions between growth stages will be taken into account with the appro- priate embodiment of highly specific processes. This is particularly important when adapting new models to their host, whether natural or artificial. Adaptation fol- lows two stages, short-term accommodation of new entities and long-term assimilation into the cell as a whole. This requires discrimination between classes of entities. We suggest that proteins playing the essential role of Maxwell’ demons, here named Maxwell’s dis- criminators (MxDs) to refer to their original function, will permit the assimilation and accommodation of artificial constructs. As a consequence, we can foresee that class discrimination, beyond mere recognition, will be implemented in SynBio 2.0, leading to an authentic par- adigm shift (Kuhn, 1996), based on conceptions that embody information as a genuine currency of reality. (shrink)

Danchin argues that if scientists can reach a level of understanding of genomes, they will be able to resolve the major biological puzzle of the 21st century: the enigma of the living machine that creates the living machine.

The discovery of the concrete basis for genes, and especially the clarification of mechanisms regulating gene expressions (in particular those that bear on the stepwise processing of hereditary information from the sequences of DNA nucleotides to the proteins) was to give flesh to the concept of a genetic program, for these regulations introduce relationships of order between the various elements of information contained in the genes. These order relations are then revealed during the time-dependent expression of the genetic program. They (...) can lead, in the case of a given program, to a plethora of particular outcomes, because the number of possible combinations rapidly becomes enormous. Since the discoveries of Jacob and Monod, it is clear that the genes specifying the regulatory functions will be responsible for phenotypic variability, especially for the apparently ideal adaptation of a living organism to its environment, and more generally for all the genotype-bound manifestations as they unfold in time. -/- Thus we are led to consider three particular characteristics that allow for the representation of living beings: a program, which summarizes the hereditary constraints and is, in fact, the abstract notion underlying the definition of all individuals in a given class (species); an initial state of the system that represents the context in which the program must express itself at the time of the individual's birth; and a particular outcome of each program, which coincides with individual development. The set of all outcomes constitutes the genetic envelope and allows the essential characteristics of the program to be obtained by induction. Theoretically, a structured set equivalent to the aforementioned one could be reconstructed by providing the program, the initial state, and the totality of the events of the external environment, producing any interaction whatever with the individual. -/- As a consequence, the observation of a phenotype does not tell in any straightforward way, what is the direct consequence of the expression of a particular gene, or of a specific feature of the environment. A phenocopy is a particular example of a phenotype that is the result of a gene expression mimicking a particular gene-directed phenotype, without however corresponding to a pparticular mutation of a known gene. (shrink)

L'introduction proposee par Etienne Gilson a l'etude de saint Augustin a pour vocation de cerner l'esprit meme de l'augustinisme en relevant ce qui, dans la doctrine, a imprime a la pensee medievale l'impulsion dont tant d'oeuvres profondes sont les temoins. Cette etude se propose ainsi de degager les quelques theses essentielles qui, commandant l'ensemble de la doctrine, permettent d'en interpreter le detail. La table systematique des matieres annexee a ce volume permettra d'ailleurs au lecteur de l'utiliser a la maniere d'un (...) inventaire; la bibliographie raisonnee competant cette table l'aidera en outre a s'orienter dans une vaste litterature historique. Cependant, a la place de l'ordre synthetique et lineaire des doctrines qui suivent la norme de l'intellect, nous trouvons dans l'augustinisme un mode d'exposition necessairement autre, approprie a une doctrine dont le centre est dans la grace et dans la charite. La methode est digressive: l'ordre naturel de la doctrine augustinienne est ce rayonnement autour d'un centre, qui est l'ordre meme de la charite. Et s'il s'agit la moins de savoir que d'aimer, la tache propre du philosophe est moins de fiare connaitre que de faire desirer... On concoit alors que cet ouvrage, publie pour la premiere fois en 1929, promette aujourd'hui encore une decouverte originale de saint Augustin. (shrink)

On ne comprend pas vraiment le thomisme tant qu'on n'y sent pas la presence de saint Thomas lui-meme, ou plutot de frere Thomas avant qu'il ne fut devenu un saint fete au calendrier, bref de l'homme avec son temperament, son caractere, ses sentiments, ses gouts et jusqu'a ses passions. Car il en eut au moins une. Au niveau de la nature humaine pure et simple, Thomas eut la passion de l'intelligence. Comprendre ensemble le philosophe et le croyant en Thomas, c'est (...) en ces termes qu'Etienne Gilson invite le lecteur a entrer dans la pensee complexe, mais incontournable, du Docteur angelique. Tel est aussi l'esprit qui anime cette etude systematique, visant au coeur meme du thomisme et guidee par le souci constant de manifester l'unite de la doctrine a travers le deploiement de cette passion de l'intelligence - cette puissance contemplative, qui embrasse dans un meme elan rationnel les grandes questions theologiques, ontologiques et anthropologiques: l'existence de Dieu, l'etre et l'essence, la nature et la causalite physique, la connaissance, la vie humaine. Dans l'oeuvre immense d'Etienne Gilson, cet ouvrage occupe une place centrale: non seulement parce que Le Thomisme aura accompagne son auteur durant toute sa carriere, a travers les remaniements et amplifications de six editions successives; mais encore, parce que cette magistrale introduction a la philosophie de saint Thomas aura contribue de maniere decisive a definir une methode historiographique: celle d'une histoire doctrinale unitaire et coherente, par dela tous les clivages philosophiques et theologiques. (shrink)

Quel rapport entre l'existence d'une oeuvre d'art et celle d'un être vivant? Entre l'existence de l'atome et celle d'une valeur comme la solidarité? Ces questions sont les nôtres à chaque fois qu'une réalité est instaurée, prend consistance et vient à compter dans nos vies, qu'il s'agisse d'un morceau de musique, d'un amour ou de Dieu en personne. Comme James ou Deleuze, Souriau défend méthodiquement la thèse d'un pluralisme existentiel. Il y a, en effet, différentes manières d'exister, et même différents degrés (...) ou intensités d'existence : des purs phénomènes aux choses objectivées, en passant par le virtuel et le " sur-existant " dont témoignent les œuvres de l'esprit ou de l'art, tout comme le fait même de la morale. L'existence est polyphonique, et le monde s'en trouve considérablement enrichi et élargi. Outre ce qui existe au sens ordinaire du terme, il faut compter avec toutes sortes d'états virtuels ou fugaces, de domaines transitionnels, de réalités ébauchées, en devenir, qui sont autant d'" intermondes ". Servi par une érudition stupéfiante qui lui permet de traverser d'un pas allègre toute l'histoire de la philosophie, Souriau donne les éléments d'une grammaire de l'existence. Mais son enquête se veut aussi une introduction à " la pratique de l'art d'exister ". A quoi nous attachons-nous précisément lorsque nous aimons un être? A quoi nous engageons-nous lorsque nous nous identifions à un personnage de roman, lorsque nous valorisons une institution ou adhérons à une théorie? Et finalement, quel(s) mode(s) d'existence(s) sommes-nous capables d'envisager et d'expérimenter pour nous-mêmes? Questions métaphysiques, questions vitales. Cette nouvelle édition est précédée d'une présentation d'Isabelle Stengers et Bruno Latour intitulée " Le sphinx de l'œuvre ". Elle inclut également un article d'Étienne Souriau, " Du mode d'existence de l'œuvre à faire " (1956). (shrink)

The important work, exquisitely translated by Mark Wauck, brings the essential elements of philosophy into view as a cohesive, readily understandable, and erudite structure, and does so rigorously in the best tradition of St. Thomas.

Par habitude, par nécessité ou en raison de la faiblesse de notre intelligence dépassée par le tsunami des savoirs et des informations, nos façons ordinaires de nourrir la vie des idées consistent à la découper en secteurs, à la compartimenter en disciplines, à l'atomiser en petites spécialités étiquetées bien comme il faut. Il s'agira ici de suivre le chemin inverse, de briser les enclos, s'encanailler, provoquer des courts-circuits au petit bonheur la chance et, si possible, des étincelles. D'associer des éléments (...) trop souvent séparés dans les analyses : physique et philosophie, pensée et action, réalité et imagination, hasard et destin, infini mathématique et engagement existentiel, intelligence analytique et courage physique, Einstein et Rolling Stones, image et mirage, langage et impesanteur, raison et déraison... Mettons le nez dehors, inventons une chimie nouvelle, bâtissons des molécules littéraires à partir d'atomes disciplinaires! É. K."--Page 4 of cover. (shrink)

Correspondence analysis of 28 proteomes selected to span the entire realm of prokaryotes revealed universal biases in the proteins’ amino acid distribution. Integral Inner Membrane Proteins always form an individual cluster, which can then be used to predict protein localisation in unknown proteomes, independently of the organism’s biotope or kingdom. Orphan proteins are consistently rich in aromatic residues. Another bias is also ubiquitous: the amino acid composition is driven by the GþC content of the first codon position. An unexpected bias (...) is driven, in many proteomes, by the AANbox of the genetic code, suggesting some functional biochemical relationship between asparagine and lysine. Less-significant biases are driven by the rare amino acids, cysteine and tryptophan. Some allow identification of species-specific functions or localisation such as surface or exported proteins. Errors in genome annotations are also revealed by correspondence analysis, making it useful for quality control and correction. (shrink)

Principles of legislation.--Principles of the civil code.--Principles of the penal code.

Assembly of minimal genomes revealed many genes encoding unknown functions. Three overlooked functional categories account for some of them. Cells are prone to make errors and age. As a first key function, discrimination between proper and changed entities is indispensable. Discrimination requires management of information, an authentic, yet abstract, cur- rency of reality. For example proteins age, sometimes very fast. The cell must identify, then get rid of old proteins without destroying young ones. Implementing discrimination in cells leads to the (...) second set of functions, usually ignored. Being abstract, information must nevertheless be embodied into material entities, with unavoidable idiosyncratic properties. This brings about novel unmet needs. Hence, the buildup of cells elicits specific but awkward material implementations, ‘kludges’ that become essential under particular settings, while difficult to identify. Finally, a third functional category char- acterizes the need for growth, with metabolic implementations allowing the cell to put together the growth of its cytoplasm, membranes, and genome, spanning different spatial dimensions. Solving this metabolic quandary, critical for engineering novel synthetic biology chassis, uncovered an unexpected role for CTP synthetase as the coordinator of nonhomothetic growth. Because a significant number of SynBio constructs aim at creating cell factories we expect that they will be attacked by viruses (it is not by chance that the function of the CRISPR system was identified in industrial settings). Substantiating the role of CTP, natural selection has dealt with this hurdle via synthesis of the antimetabolite 30-deoxy-30,40-didehydro- CTP, recruited for antiviral immunity in all domains of life. (shrink)

This work has been selected by scholars as being culturally important, and is part of the knowledge base of civilization as we know it. This work is in the "public domain in the United States of America, and possibly other nations. Within the United States, you may freely copy and distribute this work, as no entity (individual or corporate) has a copyright on the body of the work. Scholars believe, and we concur, that this work is important enough to be (...) preserved, reproduced, and made generally available to the public. We appreciate your support of the preservation process, and thank you for being an important part of keeping this knowledge alive and relevant. (shrink)

Essai sur le coeur humain, ou Principes naturels de l'education, par M. MorellyDate de l'edition originale: 1745Ce livre est la reproduction fidele d'une oeuvre publiee avant 1920 et fait partie d'une collection de livres reimprimes a la demande editee par Hachette Livre, dans le cadre d'un partenariat avec la Bibliotheque nationale de France, offrant l'opportunite d'acceder a des ouvrages anciens et souvent rares issus des fonds patrimoniaux de la BnF.Les oeuvres faisant partie de cette collection ont ete numerisees par la (...) BnF et sont presentes sur Gallica, sa bibliotheque numerique.En entreprenant de redonner vie a ces ouvrages au travers d'une collection de livres reimprimes a la demande, nous leur donnons la possibilite de rencontrer un public elargi et participons a la transmission de connaissances et de savoirs parfois difficilement accessibles.Nous avons cherche a concilier la reproduction fidele d'un livre ancien a partir de sa version numerisee avec le souci d'un confort de lecture optimal. Nous esperons que les ouvrages de cette nouvelle collection vous apporteront entiere satisfaction.Pour plus d'informations, rendez-vous sur www.hachettebnf.frhttp: //gallica.bnf.fr/ark: /12148/bpt6k95635b. (shrink)

Western European liberal democracies have recently enacted laws that prohibit the diffusion of fake news on social media. Yet, many consider that such laws are incompatible with freedom of expression. In this paper, I argue that democratic governments have strong pro tanto reasons to prohibit fake news, and that doing so is compatible with free speech. First, I show that fake news disrupts a mutually beneficial form of epistemic dependence in which members of the public are engaged with journalists. Second, (...) I contend that laws against fake news enhance rather than thwart personal autonomy. If these suggestions are plausible, then the same considerations about truth and autonomy that underpin the value of free speech give us reasons to prohibit fake news. (shrink)

Morale générale.--Morale particulière.

C'est avec la publication de l'etre et l'essence (1948) que Gilson fit veritablement irruption dans le debat philosophique contemporain, contraignant beaucoup de ceux qui n'avaient jamais entendu parler de l'etre autrement qu'a travers l'etre et le neant ou le premier chapitre de Wissenschaft der Logik, a admettre que ce petit mot etre, qu'une certaine tradition idealiste avait vainement tente de bannir du vocabulaire philosophique, abritait, sinon peut-etre le destin de l'Occident, du moins le lieu d'une de ses plus anciennes et (...) plus constantes querelles. Beaucoup se convainquirent alors, en lisant Gilson, que Saint Thomas occupait dans ce debat une place a tout le moins originale et importante, qu'il n'etait plus permis d'ignorer, meme et surtout si l'on voulait prendre parti dans la polemique que menait alors l'existentialisme contre l'essentialisme suppose de toute la tradition. Pierre Aubenque, Etienne Gilson et nous, p. 79. (shrink)