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Thomas Bonnin [11]Thomas Lombard Bonnin [1]
  1.  37
    Evidential reasoning in historical sciences: applying Toulmin schemes to the case of Archezoa.Thomas Bonnin - 2019 - Biology and Philosophy 34 (2):30.
    This article is a study of the role and use of evidence in the evaluation of claims in the historical sciences. In order to do this, I develop a “snapshot” approach to Toulmin schemas. This framework is applied to the case of Archezoa, an initially supported then eventually rejected hypothesis in evolutionary biology. From this case study, I criticize Cleland’s “smoking gun” account of the methodology of the historical sciences. I argue that Toulmin schemas are conceptually precise tools that allow (...)
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  2.  40
    Function and Malfunction in the Biological and Biomedical Sciences and Social Sciences: Fourth European Advanced Seminar in the Philosophy of the Life Sciences, Klosterneuburg, Austria, 5–9 September 2016.Thomas Bonnin, Paola Hernández-Chávez, Michal Hladky & C. David Suárez Pascal - 2018 - Biological Theory 13 (1):39-43.
  3.  39
    Function and Malfunction in the Biological and Biomedical Sciences and Social Sciences.Michal Hladky, Paola Hernández-Chávez, Thomas Bonnin & David Suárez Pascal - 2018 - Biological Theory 13 (1):39-43.
  4.  27
    Monist and Pluralist Approaches on Underdetermination: A Case Study in Evolutionary Microbiology.Thomas Bonnin - 2020 - Journal for General Philosophy of Science / Zeitschrift für Allgemeine Wissenschaftstheorie 52 (1):135-155.
    Philosophers have usually highlighted how the weakness and paucity of historical evidence underdetermine the choice between rival historical explanations. Focusing underdetermination on the link between theory and evidence comes, I argue, with three assumptions: competing hypotheses are easy to generate, investigators agree on the constitution and interpretation of the evidence and a plurality of hypotheses is a useful evil to reach consensus. The last assumption implies that the sustained coexistence of incompatible hypotheses is considered as a scientific failure. I argue (...)
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  5.  7
    Situer l’analyse phylogénétique entre les sciences historiques et expérimentales.Thomas Lombard Bonnin - 2019 - Philosophia Scientiae 23:131-148.
    Cet article propose une étude conceptuelle d’une pratique scientifique. L’analyse phylogénétique, méthode phare en biologie de l’évolution, permet d’inférer les relations évolutives entre différentes espèces ou organismes. De nos jours, elle fait souvent intervenir l’usage de données moléculaires, dont les résultats sont appelés des phylogénies moléculaires. Comment caractériser cette pratique? Nous commençons par une présentation de la méthode, en la découpant en quatre étapes : l’identification puis l’alignement de séquences homologues ; la construction puis l’interprétation d’un arbre phylogénétique. Nous montrons (...)
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  6.  4
    Glass ceilings in bacterial genetics.Thomas Bonnin - 2024 - Metascience 33 (1):77-80.
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  7.  16
    Locating phylogenetic analyses between the historical and experimental sciences.Thomas Bonnin & Jonathan Lombard - 2019 - Philosophia Scientiae 23:131-148.
    Cet article propose une étude conceptuelle d’une pratique scientifique. L’analyse phylogénétique, méthode phare en biologie de l’évolution, permet d’inférer les relations évolutives entre différentes espèces ou organismes. De nos jours, elle fait souvent intervenir l’usage de données moléculaires, dont les résultats sont appelés des phylogénies moléculaires. Comment caractériser cette pratique? Nous commençons par une présentation de la méthode, en la découpant en quatre étapes : (1) l’identification puis (2) l’alignement de séquences homologues (descendants d’un ancêtre commun) ; (3) la construction (...)
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  8.  6
    Situer l’analyse phylogénétique entre les sciences historiques et expérimentales.Thomas Bonnin & Jonathan Lombard - forthcoming - Philosophia Scientiae.
    Cet article propose une étude conceptuelle d’une pratique scientifique. L’analyse phylogénétique, méthode phare en biologie de l’évolution, permet d’inférer les relations évolutives entre différentes espèces ou organismes. De nos jours, elle fait souvent intervenir l’usage de données moléculaires, dont les résultats sont appelés des phylogénies moléculaires. Comment caractériser cette pratique? Nous commençons par une présentation de la méthode, en la découpant en quatre étapes : l’identification puis l’alignement de séquences homologues ; la construction puis l’interprétation d’un arbre phylogénétique. Nous montrons (...)
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  9.  12
    Function and Malfunction in the Biological and Biomedical Sciences and Social Sciences: Fourth European Advanced Seminar in the Philosophy of the Life Sciences, Klosterneuburg, Austria, 5–9 September 2016. [REVIEW]C. David Suárez Pascal, Michal Hladky, Paola Hernández-Chávez & Thomas Bonnin - 2018 - Biological Theory 13 (1):39-43.
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  10.  22
    A drian C urrie, Rock, Bone, and Ruin: An Optimist’s Guide to the Historical Sciences, Cambridge, The MIT Press, 2018, 376 pp., $35. [REVIEW]Thomas Bonnin - 2019 - History and Philosophy of the Life Sciences 41 (2):16.
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  11.  16
    G rant R amsey and C harles H. P ence , Chance in Evolution, Chicago: The University of Chicago Press, 2016, 384 pp., $45. [REVIEW]Thomas Bonnin - 2018 - History and Philosophy of the Life Sciences 40 (3):52.
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  12.  13
    S ophia R oosth, Synthetic: How Life Got Made, Chicago: The University of Chicago Press, 2017, 256 pp, $35. [REVIEW]Thomas Bonnin - 2018 - History and Philosophy of the Life Sciences 40 (3):53.